Biomedical Mathematics

Biomedical Mathematics (part 2)

course Biomedical Mathematics (X_401056)

lecturer Wessel N. van Wieringen and Bob Planque

contact w.n.van.wieringen@vu.nl

credits 6.0

period 5 (2012)

schedule Mondays 15:30-17:15 and Fridays 11:00-12:45

dates Weeks 18 to 21

location VU University Amsterdam

room monday: WN-P656; friday: WN-P624 (WN=Science Building)

goal Het bekend raken met statistische begrippen en technieken die een rol spelen in het modelleren en analyseren van processen op het moleculaire niveau van de cel. Onder andere Markov modellen, regressie modellen in hoog-dimensionale context, en Gaussian graphische modellen komen aanbod. Naast het modelleren wordt aandacht besteed aan het schatten van de model parameters aan de hand van data. Uiteindelijk dient de student zelfstandig bovengenoemde statistische analyse uit te kunnen voeren alsmede die van derden kritisch te beoordelen.

contents In het eerste deel van het college staat het modelleren van de DNA sequentie centraal. Resulterende modellen worden aangewend om de exon- intron structuur van een gen te ontrafelen. Maar ook om de evolutie van het DNA te beschrijven, en phylogenetische bomen (afstammingsbomen)te reconstrueren. In het tweede deel wordt hoog-dimensionaliteit geintroduceerd, i.e., een klein aantal samples waarvan een groot aantal eigenschappen gemeten is. Dit gooit het traditionele paradigma van de statistiek op z'n kop. We zullen laten zijn hoe met hoog-dimensionaliteit wordt omgegaan ten einde mbv een zo simpel mogelijk model een phenotype te voorspellen. Alsook hoe de topologie van een biologisch pathway achterhaald kan worden.

lectures Handouts of lectures

Lecture 1 (Stochastic processes and Markov chains, part 1).

Lecture 2 (Stochastic processes and Markov chains, part 2).

Lecture 3 (Reconstruction of phylogenetic trees).

Lecture 4 (Hidden Markov models).

exercises Exercises

Exercises - Lecture 1 (Stochastic processes and Markov chains, part 1). Data: DNA sequence

Exercises - Lecture 2 (Stochastic processes and Markov chains, part 2).

Exercises - Lecture 3 (ReconstructionOfPhylogeneticTrees).

Exercises - Lecture 4 (Hidden Markov Models).

exam May 29, 2012 (retake: August 27, 2012)

(back to the main page)

course		Biomedical Mathematics (X_401056)
lecturer		Wessel N. van Wieringen and Bob Planque
contact		w.n.van.wieringen@vu.nl
credits		6.0
period		5 (2012)
schedule		Mondays 15:30-17:15 and Fridays 11:00-12:45
dates		Weeks 18 to 21
location		VU University Amsterdam
room		monday: WN-P656; friday: WN-P624 (WN=Science Building)
goal		Het bekend raken met statistische begrippen en technieken die een rol spelen in het modelleren en analyseren van processen op het moleculaire niveau van de cel. Onder andere Markov modellen, regressie modellen in hoog-dimensionale context, en Gaussian graphische modellen komen aanbod. Naast het modelleren wordt aandacht besteed aan het schatten van de model parameters aan de hand van data. Uiteindelijk dient de student zelfstandig bovengenoemde statistische analyse uit te kunnen voeren alsmede die van derden kritisch te beoordelen.
contents		In het eerste deel van het college staat het modelleren van de DNA sequentie centraal. Resulterende modellen worden aangewend om de exon- intron structuur van een gen te ontrafelen. Maar ook om de evolutie van het DNA te beschrijven, en phylogenetische bomen (afstammingsbomen)te reconstrueren. In het tweede deel wordt hoog-dimensionaliteit geintroduceerd, i.e., een klein aantal samples waarvan een groot aantal eigenschappen gemeten is. Dit gooit het traditionele paradigma van de statistiek op z'n kop. We zullen laten zijn hoe met hoog-dimensionaliteit wordt omgegaan ten einde mbv een zo simpel mogelijk model een phenotype te voorspellen. Alsook hoe de topologie van een biologisch pathway achterhaald kan worden.
lectures		Handouts of lectures
		Lecture 1 (Stochastic processes and Markov chains, part 1). Lecture 2 (Stochastic processes and Markov chains, part 2). Lecture 3 (Reconstruction of phylogenetic trees). Lecture 4 (Hidden Markov models).
exercises		Exercises
		Exercises - Lecture 1 (Stochastic processes and Markov chains, part 1). Data: DNA sequence Exercises - Lecture 2 (Stochastic processes and Markov chains, part 2). Exercises - Lecture 3 (ReconstructionOfPhylogeneticTrees). Exercises - Lecture 4 (Hidden Markov Models).
exam		May 29, 2012 (retake: August 27, 2012)