Advanced Biostatistics

course		Advanced Biostatistics
lecturer		Wessel N. van Wieringen
contact		w.n.van.wieringen@vu.nl
credits		3.0
period		4 (2017-2018)
schedule		Monday 09:00-10:45 and Friday 11:00-12:45
dates		Weeks 6 to 12
location		VU University Amsterdam
room		Monday: WN-C623; Friday: HG-11A24 (WN=Science Building; HG=Main Building)
goal		Het bekend raken met statistische begrippen en technieken die een rol spelen in het modelleren en analyseren van processen op het moleculaire niveau van de cel. Onder andere Markov modellen, regressie modellen, en Gaussian graphische modellen komen aanbod. Naast het modelleren wordt aandacht besteed aan het schatten van de model parameters aan de hand van data. Uiteindelijk dient de student zelfstandig bovengenoemde statistische analyse uit te kunnen voeren alsmede die van derden kritisch te beoordelen.
contents		In het eerste deel van het college staat het modelleren van de DNA sequentie centraal. Resulterende modellen worden aangewend om (bijv.) de exon-intron structuur van een gen te ontrafelen. Maar ook om de evolutie van het DNA te beschrijven, en phylogenetische bomen (afstammingsbomen) te reconstrueren. Het tweede deel richt zich op de analyse van het cellulaire gen-gen-interactie netwerk. Ter introductie wordt eerst de relatie tussen (de expressie nivo's van) twee genen gemodelleerd. Dit gebeurt m.b.v. regressie en de bivariate normale verdeling. Vervolgens wordt opgeschaald tot het modelleren van de interacties van alle genen in een biologisch pathway. Dit vergt generalizaties van de eerder genoemde aanpakken, welke samen blijken te hangen.
literature		List of excerpts from books or articles that complement the lecture handouts:
		Course literature.
lectures		Handouts of lectures
		Lecture 1 (Markov chains, part 1). Lecture 2 (Markov chains, part 2). Lecture 3 (Reconstruction of phylogenetic trees). Lecture 4 (Hidden Markov models). Lecture 5 (Networks, part 1). Lecture 6 (Networks, part 2). Lecture 7 (Networks, part 3).
exercises		Homework assignments
		Exercises - Lecture 1 (Markov chains, part 1). Data: DNA sequence Exercises - Lecture 2 (Markov chains, part 2). Exercises - Lecture 3 (Reconstruction of Phylogenetic Trees). Exercises - Lecture 4 (Hidden Markov Models). Exercises - Lecture 5 (Networks, part 1). Exercises - Lecture 6 (Networks, part 2). Exercises - Lecture 7 (Networks, part 3).
answers		Answers to homework assignments
		Answers - Lecture 1 (Markov chains, part 1). Answers - Lecture 2 (Markov chains, part 2). Answers - Lecture 3 (Reconstruction of Phylogenetic Trees). Answers - Lecture 4 (Hidden Markov Models). Answers - Lecture 5 (Networks, part 1). Answers - Lecture 6 (Networks, part 2). Answers - Lecture 7 (Networks, part 3).
R		R manuals
		Short intro to R. Written for Unix, but useful for Windows.. Some topics discussed more extensively.. More manuals to be found: here.
exam		March 27, 2018. Retake: July 11, 2018. (ALWAYS CHECK VU-SCHEDULE FOR LATEST INFORMATION!).
old exams		Old exams (with answers):
		Exam 2019 (Biomedical math). Exam 2019. Retake 2018 (Biomedical math). Retake 2018. Exam 2018 (Biomedical math). Exam 2018. Retake 2017. Exam 2017. Retake 2016. Exam 2016. Retake 2015. First take 2015. Retake 2014. First take 2014.